O tamanho de uma baleia jubarte totalmente crescida dissuade todos, exceto os predadores marinhos mais agressivos de atacá-las. Além disso, as baleias normalmente nadam em grandes grupos chamados "pods" para proteger baleias menores e mais fracas e juventude. As mães com filhotes nadando dentro de um grupo são acompanhadas por baleias "escoltas", que seguem ligeiramente para fora do grupo para se proteger contra a agressão de grupos de jubarte concorrentes.
As baleias de escolta espantam ameaças potenciais ao soprar telas de bolhas através de seus orifícios de ventilação. Vagens grandes podem tentar se proteger se debatendo violentamente, balançando suas caudas contra a água e batendo na superfície da água com suas caudas. Eles expressam esse comportamento em relação a outros grupos de baleias e até mesmo a grupos de barcos se chegarem muito perto.
Os predadores da baleia jubarte incluem humanos, grandes tubarões e orcas. Cientistas teorizam que uma das razões pelas quais as jubartes se reproduzem na costa do Havaí é evitar a predação de orcas, que favorecem águas mais frias. Tubarões como a grande presa branca desses grupos de reprodução à medida que migram, seguindo atrás e abatendo as baleias mais lentas. Em casos de predação de tubarões, a estratégia do predador é a baleia sangrar e atrair mais tubarões para a cena. O tamanho e a força da baleia são demais para um único tubarão derrubar em uma luta.
