O deserto do Saara cobre grande parte dos países africanos da Argélia, Chade, Egito, Líbia, Mali, Mauritânia, Marrocos, Níger, Saara Ocidental, Sudão e Tunísia. O deserto tem uma área de mais de 3,6 milhões de milhas quadradas, cobrindo cerca de um quarto do continente africano.
O deserto do Saara é dividido em regiões geográficas menores, como o deserto da Líbia, deserto de Ténéré, Saara ocidental, montanhas Ahaggar, montanhas Tibesti e montanhas Aïr. A maior elevação do deserto está localizada nas montanhas Tibesti, no norte do Chade. O pico é chamado Emi Koussi, e se eleva a uma altitude de 11.204 pés acima do nível do mar.
O Saara é limitado a leste pelo Mar Vermelho e a oeste pelo Mar Mediterrâneo e pelo Oceano Atlântico. Faz fronteira ao sul com uma área gramada conhecida como Sahel, que faz parte do Sudão e do vale do rio Níger. A parte do Saara conhecida como deserto da Núbia está localizada no nordeste do Sudão, banhada pelo Mar Vermelho e pelo Rio Nilo. Outra região do deserto conhecida como Tanezrouft está localizada ao longo da fronteira de Mali, Níger e Argélia, a oeste das montanhas Hoggar. O Deserto Oriental está localizado em partes do Egito, Sudão e Etiópia.
