Muitos dos colonos originais de Nova York, Nova Jersey, Pensilvânia e Delaware eram imigrantes de nações europeias, onde haviam sido perseguidos por suas crenças religiosas. Entre eles estavam grupos de quakers, luteranos, anglicanos, batistas e menonitas holandeses, cada um com suas próprias práticas e crenças. De acordo com o Centro Nacional de Humanidades, esse pluralismo religioso desempenhou um papel na criação da cultura diversa e religiosamente tolerante das colônias médias.
USHistory.org descreve como a presença de tantos grupos religiosos diferentes em uma área tornou quase impossível o domínio de uma religião nas colônias médias. Os vários grupos toleravam-se amplamente uns aos outros, pois cada um experimentava o mesmo risco de perseguição. Durante os primeiros dias da América colonial, as colônias do meio serviram como um tampão entre as colônias mais ao norte, onde o puritanismo inglês era a religião dominante, e as colônias do sul, onde o anglicanismo era mais comum. Como as colônias do meio eram mais tolerantes em relação à dissidência religiosa, aqueles que temiam perseguição ao norte ou ao sul poderiam se mudar para essas colônias e ter maior aceitação.
Mesmo dentro de cidades individuais nas colônias médias, havia grande diversidade religiosa. O National Humanities Center, por exemplo, mostra uma imagem do horizonte da cidade de Nova York desenhada em 1771. No mapa estão 18 diferentes locais de culto. As religiões representadas somente por esta imagem eram Reformadas Holandesas, Anglicanas, Presbiterianas, Luteranas, Huguenotes Francesas, Congregacionais, Metodistas, Batistas, Quaker, Moravianas e Judaicas.
