A temperatura corporal normal de uma cobaia está entre 99 e 103 graus Fahrenheit, com uma temperatura retal média de 103 F, de acordo com a Escola de Medicina Veterinária da LSU. As cobaias se dão melhor em temperatura ambiente semelhante à temperatura ambiente confortável para humanos, cerca de 70 graus Fahrenheit.
As cobaias são vulneráveis à insolação e toleram temperaturas mais baixas melhor do que temperaturas mais altas. As temperaturas externas acima de 80 graus são arriscadas, mesmo se o animal estiver confinado à sombra. Por serem tão vulneráveis ao superaquecimento, as gaiolas de porquinhos-da-índia devem ser mantidas fora da luz solar direta e devem estar localizadas em uma área com boa circulação de ar.
