A história da EFCC na Nigéria, um acrônimo para Comissão de Crimes Econômicos e Financeiros, começou com sua criação em 2003. Desde o seu início, a comissão conseguiu processar e condenar vários altos funcionários indivíduos sob acusações de corrupção, incluindo vários executivos de bancos e funcionários do governo.
Eventos notáveis na história da organização também incluem a investigação de 2008 de Iyabo Obasanjo-Bello, sob suspeita de suborno com fundos roubados do Ministério da Saúde. O caso levou ao julgamento da então Ministra da Saúde e seu vice, sob a acusação de roubar aproximadamente $ 300.000 de fundos não utilizados alocados para o ministério.
Em 14 de setembro de 2010, Abdullahi Muazu, que servia como chefe da unidade forense do EFCC, foi assassinado em Kaduna. Antes de sua morte, ele esteve ativamente envolvido em julgamentos envolvendo vários chefes de banco influentes na Nigéria.
A jurisdição legal do EFCC na Nigéria é limitada a crimes financeiros. A partir de 2014, a comissão está diretamente sob a governança do Presidente da Nigéria. Isso permite ao presidente em exercício nomear e demitir o presidente do EFCC. Um caso como esse ocorreu em 23 de novembro de 2011, quando o presidente Goodluck Jonathan demitiu a presidente Farida Mzamber Waziri e a substituiu por Ibrahim Lamorde.
