Os principais rios de Porto Rico são o Rio La Plata, o Río Grande de Loíza, o Rio Bayamón e o Río Grande de Arecibo. Todos os principais rios de Porto Rico fluem para o norte sobre as montanhas para o Oceano Atlântico.
O rio La Plata é o mais longo dos rios, localizado na parte norte da ilha. Tem aproximadamente 60 milhas de comprimento. O Río Grande de Loíza é o mais largo e o segundo mais longo da ilha, com 40 milhas. O Rio Bayamón atravessa o município de Bayamon, localizado no vale costeiro norte. O Rio Grande de Arecibo também atravessa a parte norte da ilha, passando por um desfiladeiro de 200 metros de profundidade e 800 a 1.200 metros de largura.
Existem menos rios na parte sul da ilha e são geralmente mais curtos e de menor volume do que os do norte. Muitos dos rios que correm para o sul ficam secos na maior parte do ano. Porto Rico não tem lagos perenes naturais de tamanho considerável, embora tenha 15 reservatórios que são chamados de lagos. Esses reservatórios são formados pelo represamento dos principais rios.
