Os principais rios das Filipinas são o Rio Cagayan, o Rio Grande de Mindanao e o Rio Agusan. O país tem um total de 421 rios, mas os cientistas consideram 50 deles biologicamente mortos.
O rio mais longo das Filipinas é o rio Cagayan. Tem 314 milhas de extensão e fica na ilha de Luzon, que fica na parte norte do país. O rio Cagayan está sujeito a inundações, especialmente durante chuvas fortes. O rio Cagayan flui das montanhas Caraballo até o canal de Babuyan. O segundo maior rio é o Rio Grande de Mindanao, que está localizado na parte sul das Filipinas, na ilha de Mindanao. Os moradores locais usam o rio para transportar produtos agrícolas, bem como madeira. O Rio Grande de Mindanao começa nas montanhas Impasug-ong e termina no Golfo de Moro. A leste encontra-se o rio Agusan, que começa no Vale Compostela e deságua na Baía do Butão. É o terceiro maior rio das Filipinas. Muita turfa e sagu são encontrados dentro e perto deste rio e é o lar de patos migratórios, que também vivem nos lagos adjacentes. O Agusan está sujeito a inundações repentinas durante os períodos de chuva forte.
