O Kansas possui duas bacias hidrográficas principais: o rio Missouri ao norte e o rio Arkansas ao sul. O rio Arkansas corta o sul e o centro-sul do Kansas antes de entrar em Oklahoma. O rio Missouri está localizado no extremo nordeste do estado, perto de Missouri e Nebraska. Kansas possui mais de 10.000 milhas de rios e riachos e quase 400 lagos.
Alguns dos rios sinuosos do Kansas servem como parques recreativos. O Kansas River National Water Trail segue 173 milhas do Rio Kansas de Junction City, Kansas, até a confluência do Rio Missouri em Kansas City, Missouri. A bacia hidrográfica do Rio Kansas drena 53.000 milhas quadradas, incluindo a maior parte do norte do Kansas.
O rio Arkansas atravessa Wichita, Kan. O rio é popular entre os flutuadores quando o nível da água está baixo o suficiente. O rio Arkansas é o sexto maior rio dos Estados Unidos. O rio Missouri flui perto das principais cidades do Kansas, como Kansas City, Atchison e Leavenworth. O rio Missouri faz parte da fronteira com o Missouri.
O estado do Kansas possui 40 lagos de pesca que variam de 50 a 300 acres. Alguns dos maiores lagos do Kansas incluem o lago Tuttle Creek, o reservatório Cheney, o lago Waconda e o lago Perry. Muitos desses lagos e reservatórios oferecem oportunidades recreativas e água potável.
