O Museu de Zoologia da Universidade de Michigan indica que os principais inimigos, ou predadores, dos pinguins-imperadores são petréis gigantes, skuas da Antártica, focas leopardo e baleias assassinas. Petréis e skuas, ambos pássaros de clima frio, alimentam-se de pintinhos dentro de colônias de pinguins. As estimativas sugerem que 7 a 34 por cento dos pintinhos se tornam presas.
As focas leopardo caçam pinguins jovens quando vão para o mar, mas imperadores adultos também são alvos. As baleias assassinas tendem a perseguir pássaros adultos. Os pinguins-imperadores vigiam os predadores e avisam os outros em suas colônias quando o perigo se aproxima. Além disso, a National Geographic afirma que, quando os pinguins-imperadores estão na água, eles são capazes de repentinas e curtas rajadas de velocidade que os ajudam a escapar das focas.
