O rio Nilo e seus lagos adjacentes abrigam mais de 100 espécies de peixes, incluindo perca, bagre e tilápia. A tilápia e a perca são peixes populares com ciclos reprodutivos rápidos. Os bagres do Nilo vivem no fundo do rio e também são comestíveis, mas são impopulares em muitas culturas porque comem peixes mortos e moribundos e outros materiais que afundam no leito do rio.
A perca do Nilo são predadores agressivos. Os espécimes adultos são prateados com uma fina faixa azul em ambos os lados. Eles geralmente têm mais de 5 pés de comprimento e pesam mais de 136 quilos. Esses peixes vigorosos são populares entre os pescadores esportivos e são um componente importante da indústria do turismo dentro e ao redor da bacia do Nilo.
Os ciprinídeos prateados também são abundantes no ecossistema do Nilo. Esses peixes de nadadeiras raiadas vivem no Lago Vitória, uma das maiores e mais importantes fontes do Nilo. Os ciprinídeos são noturnos e atraídos por atrações luminescentes, especialmente em noites nubladas ou sem lua. Esses peixes são uma das fontes de proteína mais importantes para humanos em Uganda, Tanzânia e Quênia.
Muitos outros animais também vivem no Nilo e ao longo de suas margens. Isso inclui hipopótamos e rinocerontes. Os hipopótamos são especialmente assustadores por causa de sua extrema agressividade contra os humanos, velocidade de corrida notável e mandíbulas imensamente poderosas.