Algumas das principais massas de água no Alabama são o Rio Alabama, Rio Tennessee, Rio Tombigbee, Rio Black Warrior, Rio Mobile, Rio Cahaba, Rio Coosa, Rio Tallapoosa, Rio Chattahoochee, Rio Choctawhatchee, Rio Conecuh , Mobile Bay e Choctawhatchee Bay. Não há lagos naturais no Alabama; no entanto, alguns lagos artificiais foram criados a partir de represas e reservatórios construídos em seus vários rios.
A maioria dos sistemas de água no Alabama deságuam no Golfo do México. O Rio Mobile é formado na confluência do Rio Alabama e do Rio Tombigbee. Outros lagos artificiais no Alabama são Guntersville, West Point, Aliceville, Bear Creek, Bankhead e Harding.