O corpo de água mais famoso em Boliva é o Lago ("Lago" em espanhol) Titicaca, o maior lago da América do Sul e o lago comercialmente navegável mais alto da Terra. Outros lagos na bacia do Altiplano incluem Poopó, Salar de Coipasa, Salar de Uyuni e Uru Uru. Os lagos da bacia do Altiplano variam de salgados a salgados. Os lagos de água doce nas terras baixas incluem Huaytunas, Rogaguado, Rogagua, Guachuna e El Océano.
O rio mais notável da Bolívia é o Amazonas. Outros grandes rios da bacia amazônica incluem Madiera, Beni, Madre de Dios, Mamoré, Yata, Iténez (também conhecido como Guaporé), Itonmas (também conhecido como San Miguel, San Julián ou San Pablo), Río Blanco (também conhecido como Baures ou Agua Caliente), San Martin, Río Grande (também conhecido como Guapay) e Acre. A bacia do Prata contém os rios Paraguai, Bermejo e Pilcomayo.
O Sol de Mañana é um gêiser no departamento de Potosi, no sudoeste da Bolívia. O Estreito de Tiquina é o canal que liga as duas metades do Lago Titicaca, o Lago maior Chicuito e o Lago Pequeno menor.
A Bolívia não tem litoral e não se conecta com o mar em nenhuma direção, embora o Lago Titicaca seja grande o suficiente para ter um efeito atenuante no clima ao redor.