Por ser um Pokémon do tipo pedra /voador, Aerodactyl tem fraquezas naturais para ataques de pedra, aço, água, gelo e elétricos. Esses elementos causam o dobro do dano normal que causam a um Pokémon que tinha resistência zero e fraqueza zero para eles.
O aerodáctilo tem uma alta defesa natural porque é um tipo de rocha. Além disso, ser do tipo voador confere imunidade total a ataques terrestres. Essa combinação o torna um dos poucos tipos de vôo com uma defesa geral muito boa e uma boa quantidade de resistências, mas a maioria dos tipos, como fada, escuridão e psíquica, que causam danos totais são igualmente numerosos e tornam o Aerodáctilo suscetível ao status doenças.
