Os bagres têm uma grande variedade de predadores, incluindo cobras, guaxinins, martas, lontras, aves pernaltas, crocodilos, grandes lagartos, humanos e outros peixes. Como a maioria das espécies, os bagres têm mais predadores quando são jovens do que quando atingem a maturidade. Alguns bagres grandes e velhos podem efetivamente superar todos os seus predadores, exceto os humanos.
Peixes predadores, como largemouth bass, smallmouth bass, perch, walleye, robalo listrado e lúcio, freqüentemente comem jovens bagres. Além disso, os bagres maiores são um dos predadores mais importantes dos bagres jovens. Animais terrestres costumam caçar bagres em águas rasas. Os crocodilos e as cobras-de-algodão freqüentemente se reúnem em poços de água que secam para consumir os bagres que ficaram encalhados. As cobras de água marrom, uma espécie não venenosa do sul dos Estados Unidos, subsistem principalmente de bagres. Essas cobras agarram os galhos com as caudas enquanto mergulham a cabeça na água até que possam prender um pequeno bagre. Muitas outras cobras d'água consomem bagres quando a oportunidade se apresenta.
Por serem comidos por tantos predadores, muitos bagres desenvolveram farpas ou outras características para se proteger. Muitos têm espinhos que liberam veneno para qualquer predador em potencial. Alguns bagres até desenvolveram a capacidade de aplicar um forte choque elétrico em qualquer animal que os tocasse.
