A perda de habitat nos Grandes Lagos é atribuída a espécies invasoras, poluição, desenvolvimento da costa, passagem de navios, desaparecimento de espécies nativas e retirada de água das bacias dos Grandes Lagos. Uma pequena parte da perda de habitat nos Grandes Lagos vem de fenômenos naturais, incluindo desastres naturais como enchentes e secas. No entanto, a maioria das mudanças nesse ecossistema frágil vem da atividade humana.
Nos Grandes Lagos, junto com outros ecossistemas, a introdução de espécies não nativas representa uma ameaça significativa. As espécies invasoras são organismos como plantas, bactérias e animais que são transportados para habitats de outros locais. Após a introdução, essas espécies podem competir com organismos nativos por recursos escassos como comida, água e abrigo. As espécies invasoras também podem matar espécies nativas por predação direta ou, no caso de bactérias e vírus, por doenças e enfermidades.
A poluição é outro fator na perda de biodiversidade na região dos Grandes Lagos. A poluição vem em duas formas principais: fonte pontual e fonte difusa. A poluição de fonte difusa ocorre quando a água do degelo e da chuva transporta poluentes para os cursos d'água e os lençóis freáticos. A poluição de fonte pontual vem de fontes diretas, como fábricas e usinas de combustível a carvão. Por último, a passagem frequente de navios e embarcações motorizadas pelos Grandes Lagos contribui com quantidades significativas de produtos químicos tóxicos e poluentes para as águas e ar circundantes.
