O objetivo do Clue Jr. é descobrir qual criança está se escondendo em qual quarto com qual animal de estimação. Para resolver o mistério, o jogador deve visitar todas as salas, abrir as portas para encontrar pistas escondidas e riscar as crianças, animais de estimação e quartos que ela encontrar em seu bloco de notas de detetive. Cada vez que um item é riscado da lista, uma criança, quarto ou animal de estimação é eliminado.
Um jogador gira o spinner de número em sua vez e move sua peça o número adequado de espaços em qualquer direção. Quando ela pousar em um tapete fora de qualquer um dos quartos, ela pode abrir a porta. Quaisquer itens vistos lá devem ser riscados de seu bloco de notas de detetive. Ela fica lá até a próxima curva, quando pode girar e se mover novamente. Quando ela pousa em uma escada de passagem secreta, ela se move pela passagem e sai do espaço do outro lado do tabuleiro.
Os jogadores continuam girando em turnos até que um jogador tenha apenas um filho, um quarto e um animal de estimação restantes em seu bloco de notas de detetive. O jogador deve dizer aos outros jogadores o animal de estimação, a criança e o quarto que permanecem em seu bloco de notas. Se elas corresponderem às cartas da porta do revelador azul claro, ela ganha. Se eles não corresponderem, ela está fora do jogo e o jogo continua até que outro jogador adivinhe corretamente.
