Os crocodilos respiram inalando ar para os pulmões. Eles não têm guelras e não podem respirar debaixo d'água, embora possam permanecer debaixo d'água por intervalos de até duas horas, e acredita-se que possam segurar seus respire ainda mais, se necessário.
Os pulmões de jacaré têm fluxo de ar unidirecional, o que significa que o ar que se move pelos pulmões é em grande parte ar fresco e tem um alto teor de oxigênio. Os pulmões das aves também possuem fluxo de ar unidirecional. Os pulmões dos mamíferos têm fluxo de ar bidirecional, o que significa que o ar se move para frente e para trás para dentro e para fora dos pulmões. Por causa disso, o ar que chega aos pulmões de um mamífero é misturado ao ar que está nos pulmões há algum tempo. Este ar misturado tem menos oxigênio. Nos pulmões de crocodilo, mais oxigênio está disponível para se difundir no sangue.
Os crocodilos habitam principalmente água doce. Eles tendem a submergir sob a água por entre 10 e 15 minutos. Quando um crocodilo entra na água, suas narinas, orelhas e garganta são automaticamente fechadas por uma aba. Essas abas evitam que a água entre nos pulmões ou no estômago. Os crocodilos diminuem a frequência cardíaca e fecham certas linhas de sangue em seus corpos, permitindo que mais sangue chegue aos órgãos vitais. O sangue leva oxigênio para esses órgãos, retardando a respiração do jacaré.
