As cobaias são nadadoras naturais, mas podem não gostar de serem colocadas na água. Elas irão nadar se forem forçadas a serem colocadas na água, mas muitas vezes acham isso angustiante.
Uma boa maneira de determinar se uma determinada cobaia gosta de nadar é testar sua reação ao dar-lhe banho. Colocar uma cobaia em alguns centímetros de água para avaliar seu nível de conforto fornecerá uma ideia básica sobre se essa cobaia gosta ou não de nadar.
Se uma cobaia gosta de nadar, ela só deve nadar em piscinas de água doce. Água salgada e água tratada com cloro são prejudiciais à saúde de uma cobaia.