O custo dos bichinhos de pelúcia Webkinz varia dependendo de onde os brinquedos são comprados e de qual brinquedo é escolhido. Por exemplo, o preço da Amazon em 2014 para o selo de harpa Webkinz Sparkle foi pouco mais de US $ 13. Na Jungle Store on-line, o mesmo brinquedo foi listado por US $ 9,99.
Alguns Webkinz são significativamente mais baratos. Por exemplo, Webkinz Pink Googles, um pato de pelúcia, pode custar cerca de US $ 3 na Amazon. A Jungle Store ofereceu os Googles cor-de-rosa por US $ 3,99. Os animais mais caros, como o Webkinz Signature Moose Plush, podem chegar ao preço de US $ 22 na Amazon e quase US $ 18 na Jungle Store.