Embora tanto as pérolas naturais quanto as cultivadas sejam reais, sua criação é a maior diferença entre elas. Pérolas naturais ocorrem em amêijoas e ostras quando um irritante, como um grão de areia, penetra nas conchas das criaturas. Para proteção, o bivalve o cobre com nácar, uma forma de carbonato de cálcio. O nácar protege o molusco do intruso e forma camadas com o tempo, criando uma pérola natural dentro da concha.
Os agricultores de pérolas inserem deliberadamente sementes, que são pequenas contas ou pedaços redondos de conchas de moluscos, em bivalves de conchas de moluscos para forçar a criação de pérolas. O processo de cultivo requer um a dois anos para produzir uma pérola com valor de mercado. Por outro lado, as pérolas naturais levam muitos anos para atingir os tamanhos desejáveis e podem custar até 10 vezes mais do que suas primas cultivadas.
Quando inspecionadas, as pérolas naturais têm camadas semelhantes às da cebola causadas pelo crescimento lento. As pérolas cultivadas não possuem essa estratificação, devido ao seu rápido crescimento. Os joalheiros costumam usar essa ausência de camadas para diferenciar as pérolas naturais das pérolas cultivadas.
Os agricultores de pérolas são capazes de produzir pérolas em massa com qualidade e cor consistentes a um custo mais baixo para joalheiros e consumidores quando comparados com pérolas naturais. As pérolas naturais ainda têm grande prestígio na indústria de joias, mas suas etiquetas de preço as tornam menos populares no mercado de consumo casual.