Os principais rios de Madagascar incluem os rios Betsiboka, Tsiribihina, Mangoky e Onilahy, todos os quais começam nas terras altas do leste e fluem para oeste em direção ao Canal de Moçambique. Muitos desses rios correm por vales férteis e fornecem grande parte da irrigação da ilha para as plantações. O maior rio de Madagascar é o Betsiboka, que flui a leste de Antananarivo, a capital e maior cidade.
O rio Betsiboka inunda regularmente o porto de Mahajanga, na costa norte de Madgascar. Devido a um século de extenso desmatamento e fortes chuvas no início dos anos 2000, o estuário de Betsiboka sofreu uma erosão maciça. Lodo vermelho foi carregado das montanhas e encostas até a costa com chuvas tropicais. A erosão se intensificou quando o ciclone tropical Gafilo atingiu Madagascar em 2004. As embarcações oceânicas já conseguiam subir o Betsiboka, mas grandes quantidades de lodo agora impedem que as embarcações gigantescas viajem rio acima.
Os rios ocidentais de Madagascar correm mais devagar e se espalham entre vários vales fluviais. Os rios da costa leste viajam rapidamente das terras altas para o Oceano Índico. Vários rios orientais apresentam cachoeiras que deságuam no Oceano Índico.
Grandes rios como o Betsiboka, Ikopa e Mangoky drenam várias centenas de milhares de milhas quadradas da bacia. Essas bacias são responsáveis por grandes plantações, árvores de mangue e florestas tropicais.
