Apenas no Pokémon Black, é possível capturar Weedle, Kakuna, Beedrill, Murkrow, Houndour, Houndoom, Shroomish, Breloom, Plusle, Volbeat, Cottonee, Whimsicott, Gothita, Gothorita, Gothitelle, Vullaby, Mandibuzz, Tornadus, e Reshiram. Apenas no Pokémon Branco, é possível capturar Caterpie, Metapod, Butterfree, Paras, Parasect, Misdreavus, Poochyena, Mightyena, Minum, Illumise, Petilil, Lilligant, Solosis, Duosion, Reuniclus, Rufflet, Braviary, Thundurus e Zekrom. Existem também certas mudanças estéticas e batalhas específicas que são diferentes.
O Pokémon Lendário que se junta ao jogador para lutar contra o misterioso personagem "N" depende de qual jogo o jogador possui. Ao jogar o Pokémon Branco, o jogador recebe o Pokémon preto do tipo Elétrico e Dragão chamado Zekrom. Ao jogar Pokémon Black, o jogador recebe o Pokémon Reshiram do tipo Fogo e Dragão branco.
O Pokémon Legendary Weather Trio que um jogador encontra também depende da versão do jogo que ele joga. Jogadores com Pokémon Black encontram Thundurus, enquanto jogadores com Pokémon White encontram Tornadus. Esses dois Pokémon são necessários para obter acesso aos Landorus, portanto, o jogador precisa trocar as versões do jogo para obtê-los.
Além do fato de que cada versão tem certos Pokémon exclusivos, existem diferenças estéticas entre Opelucid City e Mistralton City. Drayden é o líder do ginásio Opelucid em Pokémon Black, mas em Pokémon White é Iris.
Serebii explica que em Pokémon Black, há uma área industrial chamada Black City; mas em Pokémon White, ela é substituída por uma área chamada White Forest. Em Pokémon Black, as cidades parecem mais avançadas e futuristas. Os prédios têm luzes de néon, portas automáticas e estufas. Em Pokémon White, as cidades são mais rurais e tradicionais. Os edifícios têm caminhos de pedra musgosa, celeiros e jardins.
De acordo com a Bulbapedia, em ambos os jogos há um personagem chamado Charles, o destruidor de corações. Em Pokémon Black, ele desafia o jogador para uma batalha rotativa; e, em Pokémon White, ele desafia o jogador para uma batalha tripla.
