"Pokémon Yellow" contém muitos segredos, incluindo Pokémon especiais, técnicas ocultas e itens secretos. Ao contrário de "Pokémon Red" ou "Pokémon Blue", é possível adquirir todos os três Pokémon iniciais. Para obter Squirtle, os jogadores devem primeiro derrotar o Tenente Surge. Então, eles devem encontrar a oficial Jenny no meio da cidade; ela oferece o poderoso Pokémon de água.
Charmander pode ser encontrado indo para Cerulean City e derrotando os cinco treinadores na ponte indo para o norte. Depois de derrotar os treinadores, os jogadores podem se dirigir à primeira passarela quadrada e falar com o homem ali; ele desiste de um Charmander. Bulbasaur também é encontrado na cidade de Cerulean. Os jogadores podem ir para a casa próxima ao Centro Pokémon para encontrar Melanie, que cuida de Pokémon feridos. Se Pikachu estiver feliz, Melanie oferece seu Bulbasaur ao jogador. Se Pikachu não estiver feliz, os jogadores podem dar a Pikachu cinco poções seguidas e depois falar com Melanie novamente.
Para encontrar os lendários Zapdos, os jogadores devem usar a técnica do Surf para entrar na água perto do Rock Tunnel. Eles devem seguir o riacho até a Usina Elétrica para localizar Zapdos perto da saída. Para encontrar a técnica de imitação oculta, o jogador deve primeiro comprar um Pokédoll no Celadon Mart. Então, ele deve ir para Saffron City e falar com o Copycat, que compartilha a técnica rara. Em Celadon City, os jogadores podem verificar o Game Corner para encontrar algumas moedas secretas. Eles podem girar e pressionar "A" repetidamente para encontrar essas moedas no chão.
