Mega Bloks geralmente são totalmente compatíveis com LEGO. Mini Mega Bloks são compatíveis com LEGO Duplo e blocos padrão e seus blocos maxi são compatíveis com Duplo.
Embora sejam compatíveis, algumas críticas afirmam que os Mega Bloks são uma marca de qualidade inferior em comparação com o LEGO. Devido à qualidade inferior, inconsistências estão presentes nos pinos e orifícios do Mega Bloks que nem sempre permitem a compatibilidade adequada com LEGO. A compatibilidade funciona melhor quando os tijolos são dispostos em camadas diretamente um sobre o outro, em oposição aos modelos construídos em 3D. LEGO é considerado um produto mais durável, mas Mega Bloks são muito mais baratos.
