Além de sua característica mais conhecida, que é o canal artificial que a divide ao meio, a República do Panamá contém montanhas escarpadas, planícies costeiras e colinas onduladas. A estreita faixa de terra que compreende a nação de 29.157 milhas quadradas é um istmo que conecta os continentes da América do Norte e América do Sul. O Canal do Panamá, que foi concluído em 1914, permite que os navios cruzem os oceanos Atlântico e Pacífico, que ficam ao norte e ao sul do istmo do Panamá.
O Panamá é o país mais ao sul da América Central e faz fronteira com a Colômbia no lado da América do Sul e com a Costa Rica no lado da América Central. A espinha dorsal central de montanhas e colinas do interior do país é a característica topográfica dominante do país. Os picos dessa espinha foram formados por intrusões vulcânicas e a região montanhosa foi resultado de um soerguimento proveniente do fundo do mar. Toda a cordilheira, que vai da Costa Rica no noroeste até o canal, é geralmente chamada de Cordilheira Central. O ponto mais alto do Panamá é o pico da montanha Volcan Baru a 11.401 pés.
Existe uma selva quase impenetrável, chamada Darien Gap, no ponto onde o Panamá faz fronteira com a Colômbia. Esta área é a única interrupção em todo o sistema de rodovias pan-americanas que conectam o Alasca à região da Patagônia no sul da Argentina.