Elizabeth Proctor foi acusada por Mary Warren de ser uma bruxa durante o Julgamento das Bruxas de Salem em 1692. Ela estava grávida na época, então não foi executada na hora marcada. Assim que o bebê de Elizabeth nasceu, os julgamentos das bruxas terminaram e ela foi perdoada.
De acordo com o Guia da cidade de Salem Massachusetts, Elizabeth Proctor foi denunciada como bruxa em 28 de março de 1692. Em 11 de abril, quando Elizabeth e Sarah Cloyce foram examinadas no tribunal por várias autoridades municipais, incluindo o vice-governador Thomas Danforth e o capitão Samuel Sewall, as duas mulheres foram acusadas de bruxaria e presas.
Elizabeth Proctor permaneceu na prisão em Salem até o início de agosto, quando foi julgada por bruxaria e condenada. As outras bruxas acusadas no tribunal naquele dia, incluindo o marido de Elizabeth, John, foram enforcadas no infame Gallows Hill, mas Elizabeth recebeu uma suspensão temporária da execução porque estava grávida.
Quando Elizabeth Proctor deu à luz, os julgamentos das bruxas de Salem haviam terminado. Elizabeth foi perdoada e libertada da prisão. Mas, de acordo com a lei, ela ainda era uma criminosa condenada. Isso impediu Elizabeth de reivindicar qualquer propriedade de seu marido John Proctor. Isso incluía a taverna da família que ela administrou por muitos anos. Em 1697, cinco anos após o Julgamento das Bruxas, um tribunal de sucessões restaurou o dote de Elizabeth Proctor.
Em 17 de dezembro de 1710, Elizabeth Proctor recebeu 578 libras e 12 xelins em restituição pela morte de seu marido, John.