As características físicas das tartarugas de caixa adultas que podem indicar o sexo são a forma da parte inferior da carapaça, a espessura da cauda, o comprimento das garras, a cor dos olhos e a localização do ânus. A parte inferior da concha é normalmente curvada para dentro nos machos e plana ou curvada para fora nas fêmeas.
A cauda de uma tartaruga macho é geralmente mais grossa na base do que a de uma fêmea, e as garras dianteiras e traseiras são mais longas para os machos. Os homens também podem ter uma coloração laranja ou vermelha em seus olhos em comparação com as mulheres cujos olhos são geralmente castanhos. Por fim, o ânus nas tartarugas machos maduros está localizado além da borda da carapaça, enquanto nas fêmeas está normalmente escondido.
Como os órgãos sexuais das tartarugas de caixa estão localizados dentro da carapaça, é extremamente difícil dizer o sexo de uma tartaruga muito jovem. Pode levar até quatro anos para uma tartaruga atingir a maturidade sexual e outros 16 anos antes de atingir a idade adulta. A vida útil de uma tartaruga de caixa é muito longa. Por exemplo, a tartaruga de caixa oriental pode viver até 40 anos na natureza e 100 anos ou mais em cativeiro.
