O progresso de um jogador é salvo automaticamente no final de cada capítulo ou nível de "Indiana Jones" para o Wii. Os jogadores não podem salvar o jogo manualmente.
Durante um salvamento automático, um ícone de chapéu é exibido no canto inferior direito da tela. O chapéu desaparece quando o salvamento é concluído. O jogo é armazenado em blocos livres, ou espaço de armazenamento, no Wii ou em seu cartão de memória. Qualquer progresso feito antes de chegar ao final de um capítulo ou nível será perdido se o nível não for concluído.
Os jogadores podem carregar o jogo salvo selecionando a opção de carregar no menu principal.
