Preencher o Pokédex em "Pokémon FireRed" requer a coleta de todos os Pokémon normais do jogo, todos os Pokémon lendários e alguns outros Pokémon que só podem ser adquiridos trocando com outros jogadores. No site de estratégia Bulbapedia, muitos Pokémon só são encontrados na versão LeafGreen do jogo e só podem ser obtidos negociando com um jogador que possui essa versão.
De acordo com o site de estratégia Psypoke, existem dez Pokémon lendários a serem coletados em diferentes níveis do jogo. Articuno é encontrado no nível inferior das ilhas Seafoam. Zapdos é encontrado na saída da Usina. Moltres é encontrado no topo do Monte Ember. Mewtwo é encontrado na Masmorra Desconhecida. Raikou, Entei e Suicune aparecem aleatoriamente no mapa mundial após o jogador derrotar o Elite Four, mas a aparência de cada um é baseada no Pokémon inicial escolhido pelo jogador. Lugia e Ho-Oh podem ser encontrados seguindo o caminho da direita e o caminho da esquerda na Ilha 8, respectivamente. A versão defensiva do Deoxys aparece apenas na versão LeafGreen e deve ser trocada com outro jogador. Muitos outros Pokémon aparecem na versão LeafGreen e não na versão FireRed, incluindo Sandshrew, Vulpix, Bellsprout, Slowpoke, Staryu, Magby, Pinsir, Marill, Misdreavus, Sneasel, Remoraid, Octillery e Mantine. Um jogador que deseja preencher o Pokédex FireRed deve negociar para adquirir esses Pokémon.
