O objetivo principal de Skip-Bo Junior é livrar-se de todas as cartas do estoque individual de um jogador. Cada jogador tem uma pilha de cartas, geralmente 10, a menos que um jogo mais longo seja jogado, e três as cartas são colocadas viradas para cima na frente do jogador ativo. Isso se torna a mão dele para aquela rodada.
Os jogadores viram a carta do topo de seus baralhos de estoque. Como o objetivo é se livrar dessa pilha primeiro, um jogador deve sempre tentar jogar aquela carta primeiro. Existem quatro estacas de construção no centro do jogo. Cada jogador pode jogar em qualquer uma das pilhas de construção. Essas pilhas são iniciadas com um cartão "1" ou um "?" cartão, que é um curinga e pode ser jogado como qualquer número. Cada carta é jogada em sequência até 10. Se um jogador não tiver um "1" ou um "?" que pode ser jogado, a vez é passada para o próximo jogador.
Após cada jogada, o dealer distribuirá outras três cartas para as pilhas de mãos. Apenas as cartas do topo podem ser jogadas. Assim que uma carta de uma das pilhas for jogada, a carta abaixo torna-se ativa e pode ser usada. O jogo continua até que um jogador jogue todas as cartas em seu estoque.