Algumas das diferenças entre "Ms. Pacman" e "Pacman" incluem a adição de um par extra de túneis de dobra em três dos quatro labirintos do jogo. Além disso, os próprios labirintos são diferentes dos jogos "Pacman" originais.
Nos jogos "Ms. Pacman", os padrões de comportamento dos fantasmas são diferentes dos de "Pacman" e também incluem um elemento aleatório nos movimentos dos fantasmas. Isso evita que os jogadores memorizem os padrões dos fantasmas, tornando o jogo um pouco mais difícil do que "Pacman".
As frutas no jogo também se comportam de maneira diferente. Em vez de aparecer no centro do mapa, os frutos em "Ms. Pacman" saltam ao longo do labirinto de forma aleatória, entrando e saindo dos túneis de dobra em cada labirinto. Além disso, depois que todas as frutas são encontradas, elas se reproduzem de maneira aleatória. Isso começa na 8ª rodada.
Mudanças também foram feitas na animação da morte de Ms. Pacman. Em vez de se dobrar sobre si mesma e desaparecer como Pacman, a Sra. Pacman simplesmente gira sempre que toca um fantasma. Os efeitos sonoros de sua morte também foram alterados, assim como muitos dos outros sons do jogo.
"Ms. Pacman" tem um bug em suas sub-rotinas que faz com que o jogo se torne impossível de jogar após a 256ª rodada. No entanto, vários outros bugs aparecem muito antes durante o jogo, tornando improvável que um jogador alcance a 256ª rodada sem o uso de emulação.
