"IGI-2: Covert Strike" contém 19 missões para um único jogador que variam de vigilância e fugas secretas a assaltos e ataques em grande escala. As missões ocorrem em uma ampla variedade de ambientes internos e externos Localizações. O jogador escolhe como se aproxima e completa cada missão.
Cada missão tem um objetivo e existem vários caminhos disponíveis para cumprir cada um desses objetivos. Como o jogador está em menor número em todas as missões, as abordagens furtivas geralmente são as mais eficazes, mas cada jogador pode escolher como deseja jogar missão por missão. Os níveis de dificuldade são definidos no início de cada jogo, e as cutscenes precedem e seguem cada missão para contar a história do jogo.
