Charles Krauthammer nasceu em Nova York em 1950 e se mudou com seus pais para o Canadá de língua francesa quando criança. Ele era casado com a pintora e escultora Robyn Krauthammer e tem um filho chamado Daniel que foi nascido em 1986. Tanto Charles quanto Robyn Krauthammer foram promotores da música e da cultura judaica e são co-fundadores da "Pro Musica Hebraica", uma organização cultural com sede em Washington. Ambos sempre tiveram interesse na cultura e tradições judaicas. Dr. Krauthammer faleceu em 21 de junho de 2018 de câncer no intestino delgado.
Charles Krauthammer cresceu em uma estrita família judia ortodoxa. Seu pai era de ascendência francesa e sua mãe nasceu na Bélgica. Eles decidiram se mudar de Nova York para Montreal quando Charles era jovem. Ele manteve uma vida muito privada e raramente compartilhou detalhes sobre sua família com o público, com exceção de algumas referências a seu filho Daniel em seu livro "Things That Matter". Ele se casou com Robyn Krauthammer em 1974 e ambos eram fluentes em hebraico. Juntos, eles dirigiram uma organização cultural que organiza concertos promovendo a música judaica. Os dois se conheceram enquanto estudavam na Universidade de Oxford, na Inglaterra. Na época, Robyn era uma estudante judia australiana que também trabalhava como escriturária para o gabinete do presidente do tribunal.