Os cards de Pokémon raros incluem o card holográfico Charizard da primeira edição, o card holográfico de pré-lançamento Raichu e o card Illustrator Pikachu. Os cards Charizard e Raichu foram lançados em conjuntos, enquanto o Illustrator Pikachu foi um cartão promocional.
A primeira edição da carta Charizard holográfica veio no primeiro conjunto de cartas Pokémon. Uma versão sem sombras do cartão, que não tem o chanfro sombreado padrão na imagem principal, é a versão mais rara e valiosa. Versões sem sombra do cartão com um alto grau de condição valem mais de US $ 1.000, em 2015.
O cartão de pré-lançamento do Raichu tem a palavra "Pré-lançamento" estampada no canto inferior direito da imagem principal. Apenas oito dos cartões Raichu têm esse selo, valendo cerca de US $ 10.000.
CoroCoro, uma revista que vendia Pokémon, criou os cartões Illustrator Pikachu. Ele deu as cartas, que têm uma imagem de Pikachu segurando um pincel, aos vencedores de um concurso de ilustração de cartas Pokémon. Existem apenas seis dessas cartas. Os cartões Pikachu do Illustrator não avaliados são vendidos por US $ 20.000, e aqueles com alto grau valem muito mais.
A maioria dos cards de Pokémon tem um ícone de raridade no canto inferior direito. Este ícone de raridade indica a frequência com que o card aparece em boosters.
