Para capturar o Deoxys na versão Pokémon SoulSilver, os jogadores devem transferir o Deoxys para o Pal Park da versão Ruby, Sapphire ou Emerald. A única maneira de colocar o Deoxys no Pal Park é usar um jogo salvo existente e transfira o Pokémon para Pal Park usando o slot GameBoy Advance no Nintendo DS.
Para capturar o Deoxys na versão HeartGold ou SoulSilver, os jogadores devem primeiro ter capturado o Deoxys na versão Ruby, Sapphire ou Emerald. O carrinho de jogos GameBoy Advance com o jogo salvo deve ser inserido no slot GBA em um Nintendo DS ou DSLite. A versão HeartGold ou SoulSilver deve ser inserida no slot de carrinho do DS e o jogo deve ser iniciado.
De acordo com a Bulbapedia, a única maneira de capturar Deoxys é encontrá-lo em Pal Park. O próprio Pal Park só pode ser alcançado com o uso de HM03 (Surf). Mesmo depois que os jogadores chegarem ao Pal Park, eles não poderão entrar até que tenham preenchido toda a Sinnoh Pokedex e obtido a National Pokedex.
Assim que a National Pokedex estiver em posse, os jogadores devem ir ao parque e falar com o Professor Oak na Rota 221. A opção "Migrar de" deve ser selecionada na tela do menu principal, e então haverá a oportunidade de escolher Pokémon para importar do jogo GameBoy Advance. Assim que o Deoxys for selecionado, ele será lançado na natureza.
Depois de liberar Deoxys no Pal Park, os jogadores simplesmente precisam vagar pela área até encontrá-lo. Capturá-lo é um processo simples, já que a Park Ball especial tem uma taxa de captura de 100 por cento.
É importante observar que assim que o Deoxys for transferido do jogo GameBoy Advance, ele não estará mais acessível no carrinho.
