Bobby Jones tinha uma esposa, Mary Rice Jones, e três filhos, Robert Jones III, Mary Ellen e Clara. O filho de Bobby Jones, Robert III, morreu de um ataque cardíaco fatal apenas dois anos depois que Bobby Jones morreu de siringomielia na coluna vertebral.
Jones também tem um neto chamado Robert Tire Jones IV. Robert Jones IV tem filhos, mas seu filho mais velho morreu repentinamente. Robert Jones IV tem mestrado em teologia e doutorado em psicologia. Ele pratica psicologia perto de Atlanta.
Jones era um batista devoto e ensinava na escola dominical, mas sua esposa era uma católica devota. O casal criou os filhos na fé católica, mas Robert III se casou com uma metodista, de acordo com a Faith Magazine. Bobby Jones se casou com Mary Rice em 1924. Robert Jones III jogou golfe e ganhou o Atlanta City Championship.
